Czasem zachodzi potrzeba oznaczenia czegoś w kodzie, dla kogoś innego czy nawet dla siebie samego (zwłaszcza jeśli pracuje się nad dużym projektem można się pogubić). Wtedy można skorzystać z jednej z kilku metod oznaczania, dzięki którym parser PHP będzie wiedział, że dany tekst nie jest częścią skryptu i można go zignorować. Komentarze przydają się także do tymczasowego "wyłączania" niektórych linii kodu. PHP obsługuje 3 metody oznaczania komentarzy - 2 z nich znane są z języków C/C++ a jedna z powłok (shell) systemów Uniksowych. Poniższe 2 metody służą do oznaczania, że tekst od danego miejsca do końca linii jest komentarzem:

<?php
echo "To jest test komentarzy"; // Ta metoda znana jest z języków C/C++
echo "A to drugi test"; # A ta z powłok Uniksowych
?>

Ostatnia metoda, także znana z języków C/C++, służy do oznaczania wielu linii jako komentarz. Należy przy niej pamiętać, aby nie zagnieżdżać wewnątrz siebie takich komentarzy ponieważ może to doprowadzić do nieprawidłowego funkcjonowania skryptów.

<?php
   echo "Test komentarzy"; /* Tu jest początek komentarza
   tu dalej trwa
   a tu się kończy */
?>