Do kopiowania plików służe funkcja o jakże zaskakującej nazwie copy(). Pierwszy parametr to plik źródłowy a drugi to plik lub katalog docelowy. Funkcja ta zwraca wartość true jeśli kopiowanie się powiodło lub false w przeciwnym przypadku. Dobrze jest sprawdzać czy kopiowanie się powiodło.

<?php
   copy($source, $destination) or die("Błąd przy kopiowaniu");
?>

Funkcja służaca do przenoszenia i zmiany nazwy pliku sugeruje tylko tą drugą funkcję, jednak bardzo dobrze spisuje się w obu zastosowaniach. Funkcja rename() pobiera 2 argumenty: nazwę pliku źródłowego oraz nazwę pliku docelowego jeśli funkcja ma zmienić nazwę, nazwę katalogu jeśli plik ma być przeniesiony, lub ścieżkę wraz z nową nazwą, jeśli plik ma być przeniesiony ze zmianą nazwy.

<?php
rename("aaa", "bbb");      
// zmiana nazwy pliku "aaa" na "bbb"
rename("bbb", "test/");    
// przeniesienie pliku "bbb" do katalogu "test"
rename("aaa", "..");       
// przeniesienie pliku "aaa" do katalogu nadrzędnego
rename("aaa", "test/bbb"); 
// przeniesienie pliku "aaa" do katalogu "test"
// ze zmianą nazwy na "bbb"
?>

Usuwanie plików jest rzeczą sprawiającą najwięcej trudności początkującym programistom PHP. Dzieje się tak głównie dlatego, że funkcja usuwająca pliki nazywa się unlink($nazwa_pliku), co jest wynikiem tego, że PHP powstało początkowo pod systemy Uniksowe. Funkcja ta może nie działać pod systemami Windows - tam najoczywistszym rozwiązaniem jest wywołanie programu del z odpowiednim parametrem.

Do usuwania katalogów służy funkcja rmdir($nazwa).

Tworzeniem katalogów zajmuje się funkcja mkdir($nazwa_katalogu, $tryb). Drugi parametr określa tryb utworzenia katalogu (prawa dostępu). Nie ma w zasadzie co tu opisywać - funkcja zwraca wartość true jeśli katalog został utworzony lub false w przeciwnym przypadku.